小菅神社は、明治時代の神仏分離まで、新義真言宗に属する小菅山元隆寺（こすげざんがんりゅうじ）といい、かつては戸隠や飯綱と並ぶ北信濃の三大修験場として隆盛を誇りました。創建の由来は定かになっていませんが、来由記によると、仏法を広めるのに相応しい地を求めて諸国を巡っていた修験道の祖・役小角（えんのおづの）が小菅山に出合い、白鳳8（680）年に小菅山を開山し、大同年間（806～810年）に坂上田村麻呂がこの地を訪れ、八所権現本宮や加耶吉利堂を再建したほか、修験寺院・小菅山元隆寺を創建。これが小菅神社の起源とされています。小菅権現（摩多羅神）を祀り、さらに熊野、金峰（吉野）、白山、立山、山王、走湯、戸隠の七柱の神々を観請して、八所の宮殿を石窟内に祀ったという記述が残されています。また平安時代後期には、本地垂迹思想が定着し、熊野修験が入り込んで、小菅山の確立に寄与しました。

その後鎌倉時代に入り、南北朝時代の始まりころまでには、小菅一帯は、南朝の高梨氏勢力と北朝の市河氏勢力に接し、南朝党の高梨氏が逆撃を受けて小菅にて惨敗。以後、室町幕府の支配が安定すると共に、小菅山は修験霊場としての隆盛期を迎え、4年の歳月をかけた元隆寺の宮社坊中寺観の再建、奥社内の宮殿の建立や、桐竹鳳凰文透彫奥社脇立二面が制作されています。つまり、室町時代までは小菅山では造営が営々と続けられており、それを可能にするだけの繁栄があったと考えられています。

小菅パンフレットをダウンロード（PDF 5.16MB）
※詳細な地図をご覧いただけます。

戦国時代に入ると、信濃全域が上杉氏と武田氏の争覇の舞台となり、小菅山一帯は、上杉氏の庇護下に置かれました。上杉謙信が武田信玄に合戦を挑んだ際には必勝祈願の願文を捧げましたが、そうした繁栄も、永禄10（1567）年の川中島の戦いまでのこと。この合戦で上杉軍は敗退し、武田氏の軍勢によって元隆寺は兵火に遭い、本堂を除く堂塔はことごとく焼失したとされています。その後、武田氏を滅ぼした織田氏支配の時期を経て、小菅は上杉景勝領となり、情勢が安定すると奥社本殿が再建されました。

江戸時代になると、奥社参道の杉並木や宗教建築の多くが整備され、霊場としての小菅の統治は、領主の庇護下にある寺院の手から里人の手に移りました。祭礼の性格も宗教的なものから、観客（参詣者）に見せることに重きを置いた愉楽的・観光的な性格が加わったものになっていきます。

江戸時代を過ぎ明治になると、神仏分離によって、大聖院別当職が神職に就き、仏式什器を菩提院に移管する一方で、小菅社八所大神となり、明治33（1300）年には小菅神社と改称します。今日の直接的な起源にあたる小菅神社が成立したのです。

• 奥社 小菅神社本殿
  標高900m付近、奥社である小菅神社の本殿に到着。天正19（1592）年の修復記録があり、小菅神社の祭神8柱を祀る。本殿と附属宮殿は室町時代中期のものであり、昭和39（1964）年に国の重要文化財に指定された。
  
  建物は、南側を正面にして妻入りの入母屋造で、 北面に岩窟を背負って建てられており、庇は北側にはついておらず、西側の階段から社殿に上るようになっている。背後の岩場からは水が滴り、本殿の中には甘露池があって、この池がまず信仰の対象になったのではないかと言われている。また、上杉謙信が川中島出兵の折、必勝祈願の願文を捧げており、新潟県にも崇拝者が多い。ご本尊は馬頭観音だが、祭りなど特別な日以外は建物の中に入ることはできない。また、建物の奥には「鼓岩」と呼ばれる岩があり、手を打つと太鼓の音が聞こえるそうだ。
  
  ちなみに、探勝コースからは、さらに小菅山山頂（1047m）を経て、北竜湖へとつながるルートがある。
• 鏡石 途中に、探勝コース（初心者向け）と参道の分かれ道があり、参道を進むと、表面が鏡のように平らな「鏡石」がある。この鏡石と鐙石、隠れ石、御座石、船石の5つの石の他に、現在存在が不明とされている御割石、大黒石、臥象石の3つを合わせて「七木八石」のひとつとされています。
• 不動岩 弘法大師が登拝の際、筆を投げて岸壁に梵字を書いたとされている。筆を投げた場所には注連縄が張られ、深い沢の向こうに「不動岩」が見える。ほとんど垂直に切り立った不動岩の中腹には不動明王が置かれている。こんなところに重い石造物を運び上げるのも修行だったのだろうか。
• 船石 大海の波頭のなかに船が浮かんでいるようだと言われたことから「船石」と呼ばれる。御座石と、この船石の中間くらいで杉並木は終わり、溶岩性の岩石が露出する急峻な登山道になる。
• 隠れ石 川中島合戦の際、武田軍の追っ手を避けて、上杉謙信が隠れたとされる「隠れ石」。信玄は小菅の里まで追って来たが、山鳴りと共に突然大岩が崩れ落ち、追い打ちをかけるように大木が倒れて来たため、信玄勢は小菅権現の神威に恐れをなし、ほうほうの体で逃げ帰ったと言われている。
• 御座石 役行者や弘法大師が参拝の折に座ったという「御座石」。小さなくぼみがひとつあり、持っていた杖の先がめり込んだものと言われている。ここまでの参道の途中には坂上田村麻呂が再建したという加耶吉利（かやきり）堂跡がある。
• 鐙石 岩の側面に鐙（あぶみ）型のくぼみがあるため「鐙石」と呼ばれている。鐙とは、鞍の両脇に垂らす、足を掛けるための馬具のこと。
• 鳥居 元隆寺大聖院跡地護摩堂の横に立つ小菅神社奥社への参道入り口の鳥居。標高900mの大岩窟に建つ奥社へはこれより1260m。樹齢数百年の大きな杉並木が左右に広がり、本格的な参道に入る。杉並木入り口周辺には、善光寺地震で亡くなった金井和助翁の碑、石燈籠、芭蕉句碑、梵字の石碑などの石造物が並ぶ。ここが実質的な小菅の里の中心であることを示している。
• 杉並木 約800mほどの区間に、180本もの杉の大木が並木を作っている。江戸時代の造営で、大きなものでは高さ45m、樹齢は300年と言われている。奥社までの区間も含め、雪が消えた後と祭りの前には、地区の住民によって整備されている。